Il tempo quaresimale, è scandito dall predicazioni Quaresimali tenute dal Padre Spirituale, il giovedì sera. Dopo le predicazioni, si procede allo svelamento dell’immagine di Gesù Morto che rimarrà esposta alla venerazione dei fedeli per tutta la giornata del successivo venerdì.
La domenica di Quinquagesima, quella precedente il Mercoledì delle Ceneri, hanno inizio le Solenni Quarant’Ore. Il SS.mo Sacramento è portato in processione e quindi esposto solennemente all’adorazione dei fedeli per quaranta ore di seguito, giorno e notte. Nell’adorazione all’Ostia Sacramentata, si alternano ininterrottamente le Consorelle con lo Scapolare e i Confratelli in Abito di Rito. Per garantire la presenza continua di Confratelli in adorazione. nei giorni precedenti sono stabiliti dei turni precisi ai quali le Consorelle e i Confratelli si iscrivono volontariamente. Le Solenni Quarant’Ore si concludono il martedì precedente le Ceneri con la Santa Messa Vespertina. Le Quarant’Ore sono l’ideale preludio per il tempo della Quaresima che inizia il giorno successivo, con l’imposizione delle Ceneri ai fedeli.
Tutte le domeniche di Quaresima, dopo la Santa Messa Vespertina, si svolge in Chiesa la Solenne Via Crucis, officiata dal Padre Spirituale o da altri sacerdoti invitati appositamente. Tre Confratelli in Abito di Rito, con Crocifisso e ceri (l’ultima domenica in luogo del Crocifisso si usa la Croce dei Misteri e i Confratelli procedono scalzi), percorrono la chiesa fermandosi presso i quadri della Via Crucis affissi alle pareti. Due Confratelli in Abito di Rito, sono incaricati delle letture. Il Padre Spirituale recita l’orazione al termine di ogni stazione. Tutte le stazioni, sono annunciate da un canto eseguito dal Coro del Monte Carmelo. I canti sono su testi settecenteschi, musicati nel XIX sec. dal Padre Serafino Marinosci O.F.M. La Via Crucis termina con la solenne benedizione dei fedeli impartita dal Padre Spirituale.
L’ultima domenica di Quaresima, dopo la Via Crucis, si svolge l’Adorazione alla Croce. I confratelli, vestendo l’Abito di Rito, scalzi e col cappuccio sul viso, a coppie (poste), percorrono la navata facendo tre genuflessioni. L’ultima genuflessione avviene in prossimità del Crocifisso sistemato ai piedi dell’altare, Crocifisso che, portato da un Confratello, ha aperto la lunga processione delle coppie, preceduto solo dal Confratello con la Troccola. Dopo l’ultima coppia, composta solitamente dal Priore e dal Confratello Assistente, prende posto il Padre Spirituale che pure effettua le tre genuflessioni. L’adorazione alla Croce si conclude con la benedizione ai Confratelli e ai fedeli tutti, impartita dal Padre Spirituale col Crocifisso.